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本发明涉及信息安全密码技术领域，尤其涉及一种公钥密码人工智能侧信道分析方法及系统，其中方法包括：针对功耗信道、电磁信道构建用于密码运算分类的神经网络模型，独立部署至双路单片机；上位机分别向双路单片机推送密码运算波形数据，执行神经网络推理，输出包含密码运算类别标签和对应的Softmax概率分布的推理结果；上位机将Softmax概率分布作为基本概率赋值，执行双信道证据融合，得到各密码运算波形数据对应的融合概率分布；依据融合概率分布判断各密码运算波形数据的目标密码运算类别，恢复待分析的公钥密码算法的密钥。通过本发明，有效提升了密钥恢复的精度与抗干扰能力，可在资源受限边缘设备上实现低开销、高准确率的便携式公钥密码侧信道安全分析。