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本发明属于三次采油技术领域，具体涉及一种改性生物表面活性驱油剂及其制备方法及应用。所述制备方法：反应器中依次加入脂肪胺、乙醇、氯乙磺酸钠，加热，保温反应，调节pH值；加入2‑溴乙基膦酸，加热回流，调节pH值；加入二氯乙醚，加热回流，调节pH值，减压蒸馏，得到改性剂；在第二反应器中加入瓜尔胶、水、10wt%的氢氧化钠，加入改性剂，反应后降温，调节pH7‑8，烘干，粉碎，得到改性生物表面活性驱油剂。本发明驱油剂具有粘度高、抗菌能力强、耐温能力强、降粘效果好的优点。