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本发明属于智能化生产领域，具体一种基于超分子组装‑磁分离耦合的藤茶二氢杨梅素靶向提取及活性稳定化方法与系统。该方法通过磺化β‑环糊精‑石墨烯量子点超分子组装体实现二氢杨梅素的靶向识别提取，结合多目标粒子群优化（MOPSO）算法调控提取参数，得率达2.5g/100g以上；利用氨基功能化FeO@SiO磁纳米颗粒进行高效分离纯化，纯度提升至95%以上，分离周期缩短至15min；采用壳聚糖‑海藻酸钠‑磷酸钙仿生矿化微胶囊包埋，通过自适应神经模糊推理系统（ANFIS）优化参数，包埋率≥92%，显著提升储存稳定性；构建深度学习‑比例积分微分（DL‑PID）复合控制器维持低氧‑避光微环境，配合Transformer‑ResNet模型实时监测活性，储存12个月活性衰减≤8%。系统集成超分子提取、磁分离、仿生包埋等智能单元与数字孪生平台，实现全流程参数追溯与优化。