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本发明涉及食品加工技术领域，公开了一种透明质酸钠修饰脂质体包埋低聚果糖益生元及其制备方法和应用。通过透明质酸钠修饰脂质体包埋低聚果糖，延长脂质体在肠道的滞留时间，使益生元释放周期延长，确保与益生菌的持续作用。采用透明质酸钠修饰脂质体包埋的低聚果糖和发酵混合果蔬汁搭配制备成具有润肠通便作用的益生元果蔬发酵饮品。该饮品可促进肠道蠕动并修复黏膜屏障，形成菌群调节加肠道修复的双重功效，还可以增加肠道有益菌群，降低肠道内有害菌群等作用，解决了益生元在肠道内停留时间短、利用率低的问题，为益生菌食品的开发提供了新的方法和原料。