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本发明涉及医疗信息技术领域，具体涉及基于大语言模型和药品知识库的AI辅助问诊方法及系统，包括：通过大语言模型与用户交互，得到对话记录信息和大语言模型的提示信息；从提示信息中提取主药品，获取主药品在药品知识库中的药品信息以构建药品知识图谱；根据主药品与其他药品的药品相互作用关系，并结合对话记录信息构建提示图谱，利用图谱之间的相似性，计算提示信息的用药合理性；利用用药合理性对提示信息迭代调整，得到最终提示信息；通过大语言模型提供最终提示信息给药师。本发明提升了大语言模型在辅助问诊过程中输出内容的准确性。