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提供了用于将核酸序列读段分配给靶多核苷酸的方法，该方法包括提供其上固定有转座体复合物的基底，其中该转座体复合物包含转座酶和第一多核苷酸，该第一多核苷酸包含末端序列和第一标签；在使所述靶多核苷酸片段化的条件下使所述转座体复合物与所述靶多核苷酸接触；扩增片段化的靶多核苷酸以在该基底上形成多个核酸簇；获得该基底上的该多个核酸簇的位置信息；确定该核酸簇中的每个核酸簇中片段化的核酸的该核酸序列读段；以及使用获得的位置信息将该核酸序列读段分配到该靶多核苷酸。

本公开描述了可以同时确定靶基因组样本的胞嘧啶碱基和基因型检出的估计甲基化水平值的方法、非暂态计算机可读介质和系统。该所公开的系统可对靶基因组样本的核苷酸读段数据利用贝叶斯方法以生成估计甲基化水平值，该估计甲基化水平值指示该靶基因组样本包含参考胞嘧啶碱基或可称为胞嘧啶的核碱基的基因组坐标。该所公开的系统可以基于先验基因型概率和在来自该靶基因组样本的读段堆积的基因组坐标处的观察到的核碱基来估计甲基化水平值。基于该估计甲基化水平值和碱基检出质量度量，该所公开的系统可生成该基因组样本在该基因组坐标处的后验基因型概率。基于该后验基因型概率，该所公开的系统可以生成该靶基因组样本的基因型检出。

本公开描述了实现核苷酸读段与参考基因组的基因组区域的改进映射和比对的方法、非暂态计算机可读介质和系统。例如，所公开的系统能够针对来自基因组样本的核苷酸读段与参考基因组的相应基因组区域处的主要连续序列之间的一个或多个候选比对，识别主要连续序列与相应基因组区域内的群体单倍型之间的等位基因‑变体差异，从而为每个群体单倍型生成比对得分调整。为了促进所公开的用于改进核苷酸读段的映射和比对的方法，所公开的系统能够利用一种单倍型数据结构，该结构包括将参考基因组分层划分为代表相应基因组区域的参考分箱，并且对群体单倍型与参考基因组的主要连续序列之间的区域特定的等位基因‑变体差异进行编码。

本公开描述了方法、非暂态计算机可读介质和系统，这些方法、非暂态计算机可读介质和系统能够估计目标基因组区域的读段覆盖度，并且能够调整测序循环数量以满足跨基因组样本的目标基因组区域的目标读段覆盖度水平。例如，所公开的系统能够接收用户输入，该用户输入指示用于基因组样本的目标基因组区域以及针对一个或多个基因组样本内的目标基因组区域的目标读段覆盖度水平。基于临时映射到对应于目标基因组区域的参考序列的读段，所公开的系统能够估计针对目标基因组区域的读段覆盖度水平。在估计读段覆盖度水平之后，所公开的系统能够生成并执行足以满足一个或多个样本的目标基因组区域内的目标读段覆盖度水平的经调整的测序循环数量。

本公开描述了实现改进核苷酸读段与参考基因组的基因组区域的映射和比对的方法、非暂态计算机可读介质和系统。例如，所公开的系统可在参考基因组的一组参考跨度内识别核苷酸读段和候选群体单倍型，并且在该组参考跨度内为该候选群体单倍型的组生成单倍型组分数。基于该单倍型组分数，所公开的系统可生成包括来自群体单倍型数据库的群体单倍型子组的个性化单倍型数据库，并且利用该个性化单倍型数据库，确定来自基因组样品的一组核苷酸读段的一个或多个个性化比对。

本公开描述了可以修改测序运行以确保所有基因组样本满足目标读段覆盖度水平的方法、非暂态计算机可读介质和系统。所公开的系统可以基于(i)属于从索引序列得到的每个样本的簇和/或(ii)与流通池池内的每个样本相对应的过滤器度量来估计基因组池中的每个基因组样本的读段覆盖度。所公开的系统可以基于所估计的读段覆盖度和目标读段覆盖度来修改测序运行。例如，所公开的系统可以调整测序运行内的测序循环的数量，以确保所有基因组样本都满足目标读段覆盖度。附加地或另选地，所公开的系统可以确定要成像的流通池小区的集合，以确保所有基因组样本都满足目标读段覆盖度。

描述了DNA定序系统和方法。系统和方法可计算流动池上具有彼此链接的近似零概率的读段对的基因组零分布，并且计算具有在空间上链接的近似零概率的读段对的空间零分布。系统可基于所计算的基因组零分布和所计算的空间零分布来生成表示不正确地指派两个多核苷酸读段之间的链接的概率的链接质量分数。