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本发明涉及微生物育种与生物合成技术领域，公开了一种高耐受亚硒酸钠的干酪乳杆菌的筛选方法与应用，该筛选方法以干酪乳杆菌ATCC 393为起始菌株，先经预筛选确定适应性进化的亚硒酸钠起始浓度；再通过梯度提升亚硒酸钠浓度对进化组进行传代驯化，同步设对照组并监测杂菌污染；最后稀释进化菌液，涂布于含亚硒酸钠的固体平板，挑取红色最深单克隆，得到高耐受亚硒酸钠的干酪乳杆菌。本发明中干酪乳杆菌耐受浓度从野生型的200μM以下提升至10mM，解决了野生菌株因耐受性低导致的亚硒酸盐还原效率不足问题。