一种基于长纯合片段的虾类个体近交系数最优评估参数构建方法

本发明公开了一种基于长纯合片段的虾类个体近交系数最优评估参数构建方法，属于水产动物分子育种技术领域，其包括以下步骤：（1）将虾类样本的重测序数据利用对应虾类参考基因组进行SNP的筛查与分型，获得对应个数的全基因组SNP标记；（2）非基因组特异性的参数设置及模拟滑窗数据库建立；（3）基因组特异性参数设置；（4）最优评估参数汇总。本发明不依赖于参考基因组质量，在目前的“碎片化”“低拼接质量”条件下仍可找到最优化参数、准确的检测ROH片段并精准评估真实近交系数；同时该方法可推广至其他不同拼接质量的参考基因组并获取对应的最优化参数。