基于ONT测序平台的肿瘤组织剪接识别及新抗原肽筛选方法

本发明公开基于ONT测序平台的肿瘤组织剪接识别及新抗原肽筛选方法，属于肿瘤免疫学技术领域；包括：从肿瘤组织中提取RNA，并分离出mRNA，然后构建测序文库并通过ONT测序平台测序，获取原始数据；对原始数据进行碱基识别，获得fastq格式数据；将数据比对至参考基因组重建转录本，并基于比对结果，识别可变剪接事件，并进行差异分析；筛选出差异显著的可变剪接事件，提取事件相关的novel转录本编码序列；在转录本的剪接边界区域提取跨剪接位点的9mer肽段；对肽段进行MHC结合亲和力评分，并筛选出候选新抗原肽段；对候选新抗原肽段进行质谱验证，筛选实际表达的肽段。该方法可广泛应用于肿瘤免疫标志物筛选、新抗原疫苗设计及个体化治疗策略开发。