一种病原微生物通用探针组合设计方法及应用

本发明公开了一种病原微生物通用探针组合设计方法及应用，目标近源物种的代表基因组采用滑窗法切分成片段，与所有代表基因组进行比对，筛选出能够比对到多个物种的保守区域。统计每个探针区域内，筛选频率最高的碱基作为该位置的最终代表一致性碱基，生成最终代表性一致性探针序列。统计每个代表一致性探针可覆盖物种个数，对每个可覆盖物种的编辑距离和GC含量。每个物种探针捕获区域序列，模拟生成fastq序列，比对到宏基因组数据库，计算每个探针捕获区域唯一比对到物种的序列召回率，筛选出在种水平上具有高特异性的探针。采用贪心算法从候选探针集合中筛选探针组合，尽可能减少探针总数，提升探针池的使用效率并降低成本。