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本发明公开了基于半导体存储芯片的组成结构智能识别方法及系统，包括如下步骤：获取芯片检测数据并提取候选结构，构建芯片结构图；按检测深度建立遮蔽托管路径；沿路径执行解封归账，利用改进EGNN将下层候选结构压入组成位置并挂接、扣偿结构债；确定组成结构识别断点；换接拓扑同构的目标结构束与参照结构束，定位识别错误位置；重构错误位置内候选结构，更新芯片结构图和遮蔽托管路径，得到组成结构识别结果。本发明涉及半导体芯片检测技术领域，实现了半导体存储芯片组成结构精准识别，提高了复杂结构解析效率和错误定位能力，提升了结构识别可靠性。